由于朝廷加强了沿海地区的防务，孙恩大军在海岛无法获得给养，然而祸不单行，军中又爆发疫病，死者大半。

到了元兴元年（402）三月，孙恩终于忍不住，又发兵进攻临海。不久传来消息，孙恩军被临海太守辛景所败，孙恩及其部分家属和部下共百余人，一起投海而死。

然而，这时孙恩的死已经不能激起什么波澜了，因为建康的东晋朝廷遇到了前所未有的危机。

孙恩叛乱之前的三吴之地，虽然百姓广受剥削，但因承平日久，相较其他地方已是十分富裕。

而之后，浙东百姓所遭受的不仅有孙恩军的烧杀抢掠，更有来自朝廷的伤害。朝廷所派大军除了镇压之外，也大多趁机在此大肆掠夺屠杀。

几年下来，三吴之地早已被搞得残破不堪，死者甚众，百姓忧心性命财产，自然无心也无力好好耕种，如今，又加上气候干旱，终于爆发了大规模饥荒。

此时的东晋朝廷实质上控制只限于所谓“东土”的三吴地区，其余都只是名义上的臣服，再加上荆州都督桓玄又落井下石，封锁了长江，不让物资向下游运输。

此刻，朝廷自己都要吃不上粮了，终于不得不睁眼看到这不断积累的痛苦，而此时，饥荒与疫病，早在这片大地上无情地肆虐了很久。

不过朝廷想出的好主意是攻打桓玄。此时的皇帝晋安帝司马德宗是出了名的傻子，甚至民间都有耳闻，如今朝政竟被年少的司马元显把持。

还在陈家村时，王瑾之等人私下里谈笑，陈严还曾感慨，宗室、高门果然与我们不同，差不多年纪，我等还在为如何建功烦恼，对方已经权势滔天了。

元兴元年（402）正月，司马元显先是大赦，改年号为元兴，后公开桓玄的罪状，下令征讨荆州。他亲自担任骠骑大将军、征讨大都督，以刘牢之为前锋都督，谯王司马尚之为后军统帅。

攻打桓玄倒也不失为一个好办法，但后续发展就有些戏剧化了。

孙恩退逃海岛后，王瑾之跟随刘裕一路返回刘牢之驻地。此后便开启了一边训练，一边看戏的奇妙日子。

说是看戏真的毫不夸张，因为事情的发展很是神奇。

正月，司马元显下令征讨，但整整拖了一个多月，还在建康。期间桓玄倒是发来檄书控诉司马元显的罪状，他倒是后发制人先起兵来攻打建康了。

这样一来，司马元显再抵挡不住朝廷上下的催促，不得不出发了。

二月，晋安帝为他置酒饯行，但他上船后又从船上逃回家，军队始终没能出发。

举朝上下商讨很久，终于想出了个绝妙好主意，那就是派遣齐王司马柔之拿着驺虞幡到荆州、江州，命令桓玄罢兵。

结果显而易见，司马柔之千里送人头，就再没回来。

桓玄大军顺流而下，一路经过寻阳（今湖北黄梅县西南）、姑孰（今安徽当涂县），均畅通无阻，及至历阳，此时镇守历阳的是豫州刺史谯王司马尚之，也就是征讨军的后军统帅，结果司马尚之被擒，其弟司马休之则弃城逃跑。

想到这里，王瑾之不由叹气，谁能想到后军统帅竟然能变成前锋了呢。

司马元显不靠谱，刘牢之也相当不靠谱。怎么说呢，这段时间，王瑾之他们一直在建康城旁边的溧州没动弹，每日就训练、休息、训练、休息……

然后听说刘牢之的一个叫何穆的族舅来访，那几日刘牢之的儿子刘敬宣和侄子何无忌总来刘裕帐内说话，来时行色匆匆，去时气势汹汹，刘裕的表情也愈发严肃。

一次王瑾之路过刘裕营帐时，还隐约听到刘裕在说什么将军糊涂，可惜声音很快被压低再听不清了。

没几日，也就是三月初一，王瑾之就听说刘牢之派了刘敬宣去桓玄营中。

然后就听说桓玄军到了建康，之后就接到命令去追击司马元显。

事情变化得太快，大家还在说着怎么一直不出兵攻打桓玄呢，转眼间自己就变成桓玄这边的了。

王瑾之虽然隐约有些猜测，但这样快的发展也着实让他感到意外，虽然司马元显不是什么好东西，孙恩叛乱的导火索就是他的“发东土诸郡免奴为客者充兵役”，但刘牢之这时候选择投向桓玄确实是个昏招。

如果桓玄胜了，他必定不会容忍刘牢之再掌控北府军。因为，刘牢之的此次反叛直接导致了司马元显的失败，仔细想想，桓玄在夺权后，还会再允许这样的势力不受自己控制么？

而如果司马元显胜了，这种临阵投降的叛徒，他还能让活着么？

当然，结果显而易见是桓玄胜了，朝廷本就指望着北府军当主力，这北府军一反，眼见得建康已是唾手可得，桓玄率领的荆州军快速逼近，朝廷军未战即溃，四散而逃。很快，司马道子、司马元显父子就被生擒。

不久，成功入主建康、大权在握的桓玄便发动了逮捕报复行动，司马元显、司马尚之等人尽皆被斩首。一人得道鸡犬升天，其宗族及部下如桓伟、桓谦、桓修、桓石生、卞范之等人均加官进爵。之后又行大赦，改年号为隆安。

之后，不出自己所料，桓玄刚掌大权就迫不及待地准备掌控北府军，刘牢之则被任命为征东将军、会稽内史。这北府军权眼看着就要没了。

今日，刘牢之已召集了手下将领佐吏商议，刘裕也去了，想来正是在商议之后该怎么办吧。

王瑾之又伸头望了望刘裕家的大门，自己吃完早饭路过这，正好碰到刘裕，说是大将军令前去商议，可这都快能吃晚饭了怎么还没回来？

傍晚，刘裕终于回来了，见到还在自己家附近瞎溜达的王瑾之，便将其带入家中。

一合上门，刘裕便叹道：“此前将军不听我等建言，执意投降桓玄，后万寿归来劝将军攻击桓玄，可惜将军又犹豫未决，错失良机，如今将军欲渡江占据江北广陵抵抗桓玄，然军心已散，将军已然败矣，我欲回京口，不知瑾之作何打算？”

不等王瑾之回答，刘裕又道：“不若与我同去京口？听闻孙恩死后，余众推其妹夫卢循为主，叛乱近在眼前，我等曾连胜判军，桓玄定不会弃之不用，我等可在京口静侯。”

王瑾之思索片刻，点头，“将军所言甚是，我等与将军同去京口。”

“我等？他们也不回宁海？”

“嗯，此前得了消息，虽因干旱，收获较往年少了些，然族里尚有存粮，且地处偏僻，没太受叛乱影响，因此族中并无大事。”

“如此便好。”刘裕不由感叹，“东土此次损失巨大，既能饱腹已然不错了。”

王瑾之深以为然，这一路，他们已经见到过太多饿死的人了，还活着的人也几乎是在骨架子上搭了个骷髅脑袋了。

停顿一会儿，王瑾之还是没忍住问道：“东土受灾严重，如今桓公已大权在握，以将军之见，此次可会如之前般见死不救？此次朝廷可会发粮救助？”

刘裕有些讶异，盯着王瑾之看了一会儿，笑着正要开口，突然发现他正双手紧握，满脸期待地盯着自己，复又咳嗽几声，表情沉重下来，叹了口气，道：“想来是会发的，但百姓能拿到多少就不清楚了。”

听了这话，王瑾之紧绷的身体顿时放松了许多，他点头了然地笑道：“我知道贪腐是难免的，但百姓终归是不会再饿死了。”

看着王瑾之如释重负的表情，刘裕欲言又止，沉默良久，只轻拍了下他的肩膀，道：“但愿如此吧！”

不久，就如刘裕所猜测的那样。

刘牢之派儿子刘敬宣去京口接家眷，但刘敬宣过了约定时间还没回来，刘牢之误以为全家被杀，万念俱灰，在北逃到新洲的时候上吊自杀。

谁知没多久刘敬宣便带着家眷来到军中，可惜已来不及，他们只好匆忙渡江到广陵投靠高雅之，甚至未能吊哭安葬刘牢之。是门生故吏凑了些钱将刘牢之送回丹徒安葬。之后便只听闻他们一路北去长安，又招募了兵马与桓玄部下交战，可惜败了，便再无消息了。

而刘裕这边，第二日便借口伤重需要修养，辞官带着众人乘船返回京口，同行者还有刘牢之的外甥何无忌。