哈利在姨父姨妈家度过一个痛苦的暑假后，即将回到霍格沃茨。

他正准备打点行装时，小精灵多比前来发出警告：如果哈利重返霍格沃茨，灾难将会临头。但哈利一心想回到魔法学校，便义无反顾地返回了。校园的生活虽然五彩缤纷，但烦恼也会不断。

可怕的是，霍格沃茨的学生接二连三地变成了石头，哈利的好朋友赫敏和罗恩的妹妹金妮也惨遭厄运。于是，哈利决心解开这个谜。

他在盥洗室里发现了一本神秘日记，得知有人从密室里放出了蛇怪，造成了桃金娘的离奇死亡等。于是他来到盥洗室，打开了密室，解救金妮等人。这时，伏地魔的少年化身——里德尔放出蛇怪，想要杀死哈利。

危急时分，校长邓布利多的凤凰——福克斯带来分院帽，哈利从分院帽中抽出利剑，刺死了蛇怪。最后，哈利用蛇牙刺穿了日记本，日记中的里德尔的记忆也随之毁灭。