网名为“百里玛利亚”的某少女路人A的电脑系统里突然出现了一款高自由度全息乙女游戏《恩底弥翁~时间啊，停滞于此吧！》，根据游戏引导，此游戏是个完全开放的世界，虽然是乙女游戏，但玩家可以在游戏里扮演任何职业任何角色，无论是想和几个男主谈一场风花雪月的恋爱，还是在战场上冲锋陷阵成为女王，亦或是信仰神明成为神的圣女把神明攻略拉下神坛……百分百自由度！只要不触发系统的惩罚干伤天害理的犯罪之事，你想达成什么结局都可以！

“百里玛利亚”进入了游戏……完全和乙女，恋爱，风花雪月这种词语无缘的少女路人A因为系统的“损坏”，没有进入自己设定好的【圣女】角色，没有在神殿降临，而是降临在了游戏背景的三百年前……的某场异常惨烈的战场上，她身负【圣女】之名，伴有扭曲的”古神之貌“，以及负一百的魅力值和满格的武力值，降临在战场之上——

……等等，乙女游戏女主角不可能是古神之貌的对吧！

礼赞群星之主，万界女神！至高之母，万魔之母！战争女神，智慧圣主！

百里玛利亚从来没有想过……她只是想试试玩个乙女游戏谈个恋爱，但是系统损坏降临错误且穿越到这个名为《恩底弥翁》的异世界的她……会成为异世界人人恐惧且信仰的神明……