朱由锦登基称帝，心里战战兢兢，生怕“九千岁”卫仲贤要了他的小命。入宫时紧记皇嫂张太后的喔咐：“不食宫中食水”，于是怀里揣着大饼，一手提剑，一手提水，进了太和殿，在龙椅上坐下，将食水放在身侧，怀抱宝剑枯坐到天明。
是夜，卫仲贤为新帝送来四位美貌宫女，此举即是说明他没有杀君之心。但是朱由锦不敢大意，在这些宫女身上搜出春药，便没有追究。
次日，群臣入朝恭贺新帝登基，行过登基大典，朱由锦才多少有些安全感。
群臣议定改明年为建炎元年。
朱由锦熟知卫仲贤恶行，傻子都看出他不会对卫仲贤容忍。于是阉党中人害怕了，有人跳出来上书指责卫仲贤的左膀右臂崔呈秀之罪，试探朱锦心意，但是朱由锦隐而不发。
于是嘉兴贡生钱嘉征弹颏卫仲贤十大罪状：
一、与皇帝并列；二、目无皇后；三、搬弄兵权；四、无二祖列宗；五、克削藩王封爵；六、目无圣人；七、滥加爵赏。八、掩盖边功；九、剥削百姓；十、交通关节。
因卫仲贤不识字，建炎帝朱由锦召见卫仲贤，命值日太监念给他听，卫仲贤非常恐惧，用重宝贿赂朱由锦身边太监徐应元，求他解救，朱由锦知道后对徐应元严加斥责。
说到卫仲贤不识字，民间流传着一则《连升三级》的笑话：
南直隶有个大财主的儿子叫张好古，平时里游手好闲，不学无术。一天在街上遇到个江湖骗子，装模作样地看了看张好古的面相：“公子富贵命，今科进京赶考，必能高中进土。”张好古要是明白人，一定会大耳刮子招呼他：“老子大字不识一个，能中进士？”可是他不这么想，听了心里高兴，随手赏了骗子十两银子，这可不是小数目，按当时一斤十六两计算，合312.5克，按当今银价约合人民币1662元。
张好古回到家中，带着银钱盘缠和随行家丁，浩浩荡荡地去燕京赶考去了。途中非止一时，这天晚上进了京城。问题来了，他不认识去考场的路。这时不知什么官员鸣锣开道，让行人闪开。张好古横行惯了，哪里肯让道？被官差捉住，扭送到大轿前，轿中坐着的正是当今红得发紫的“九千岁”卫仲贤，要搁往日，卫仲贤问都不问就给杀了。今天心情不错，决定拿这傻小子消遣消遣：“你小子为何挡咱家的道？”张好古不认识卫仲贤，双眼一瞪：“你老头不讲道理，是我先来的，你耽误我中进士陪得起吗？”“好大的口气，莫非真有真才实学？这人值得拉拢。”卫仲贤想到这吩咐：“来人！拿咱家的牌子送他去考场。”那位说了：“你卫仲贤就是个大混蛋！你想看张好古有无真才实学，让他自己去就行了，拿你的牌子派人送他考官谁敢不给面子？中不了进士也能中了。”张好古不管那些，有人带路省得问人了。
因为太晚，考场都关门了，按制是不准开门的，但是从人递上“九千岁”的牌子，主考大人亲自将我们这位张大少爷接进了考场。这还不算，两位主考大人还在那里商议：“这肯定是九千岁的亲支近派，不然不会这么晚了还派人送来。”“那咱们可得照顾一二”“怎么照顾？万一没真才实学考不中，打了九千岁的脸，你我担当得起吗？”“那怎么办？”“我说你写，帮他把试卷做了”。做完一看：“考个状元绰绰有余，算了给个前五吧。”
等待放榜那天，卫仲贤派人一看：“南直隶考生张好古高中前榜进士第五名。”回去禀报卫仲贤，卫仲贤大惊“真有真才实学”定要好生拉拢，从此张好古成了九千岁府上坐上宾。
这一年卫仲贤大寿，新科进士都要给卫仲贤送贺联，张好古麻爪了：他不认识字啊。一位进士见得迟迟不动笔，猜到他可能不识字，就帮他写了一副大骂卫仲贤奸侫误国的对联，张好古喜滋滋的将对联挂到“九千岁”府的寿堂上。卫仲贤本想看看张好古写了什么花团锦族的对联，恰好皇上送来了贺礼，便去排摆香案接旨去了。其他的进士看到张好古的对联眼神古怪，但没人去告诉卫仲贤。是他们对大明忠心耿耿？非也！非也！因为卫仲贤有个毛病，你告诉他有人骂你了，他立即暴跳如雷：“他敢骂我？杀！他骂我他一个人知道，现在你也知道了，一块儿杀！”你想谁敢告诉他？嫌命长？就这样张好古的骂联整整挂了一天，才被收起来了。
等到明未帝朱由锦处理掉卫仲贤，有人告发张好古是卫仲贤的亲信。旁边立刻有人跳出来：“这张好古可是个大大的忠臣，那天我见过他大骂卫仲贤权阉误国的对联”，边上立即有人附和。“既然是忠臣，官升三级。”
一群混蛋！
言归正传，朱由锦决定从外围入手，先断卫仲贤臂助，因此崔呈秀等“十虎十狗”纷纷落马，最后将卫仲贤发配凤阳守皇陵。卫仲贤在发配的路上仍然前呼后拥好不风光，朱由锦一听大怒，命锦衣卫将卫仲贤逮回京师法办。那位说卫仲贤能混到一人之下万人之上不会这么弱智吧？他是想用王剪、萧何自污的典故，也不想想王剪手握六十万大军，自污是为了安秦始皇之心…他现在不过是一条丧家之犬，哪有资格自污？卫仲贤在听到逮他回京城的旨意，自知活不了，于是在一家客栈上吊自杀了。
卫仲贤死后，建炎帝朱由锦对阉党大开杀戒，为祸多年的阉党被连根拔起。可是问题来了，惯会打嘴炮的东林党人一家独大，还妄想限制皇权，建炎帝朱由锦和他们斗智斗勇十七年，直到在煤上歪脖子树上上吊殉国，前明灭亡。
建炎帝掌权后大用东林党人，袁崇焕被重新启用，任蓟辽总督，全权负责辽东防务，主持对鞑虏作战事宜。
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