隋朝末年，隋炀帝杨广好大喜功，内外失政，以致人心尽失，群雄割据，烽烟四起，形成了一发不可收拾之乱局。

寇仲和徐子陵，原是两个无父无母流浪天涯的小混混，寇仲为人机灵多计、重情重义、雄心壮志、不甘平凡；徐子陵则为人忠厚纯朴、感情细腻、甘于淡泊。两人自少同甘共苦，互相扶持，是一对生死不离的好兄弟。

机缘巧合之下，寇仲和徐子陵得到了武林中人梦寐以求的武功奇书“长生诀”，“长生诀”是打开“杨公宝库”的关键，此杨公宝库藏有江湖中人梦寐以求、可令人称霸武林的\"邪帝舍利\"，双龙因此惹来了大野心家丞相宇文化及的连续追捕。

而“长生诀”的物主，来自于高丽的女刺客傅君婥，为了取回“长生诀”把双龙擒住，却发现双龙是练“长生诀”内功的最佳人选，遂逼令双龙练“长生诀”，而双龙亦利用傅君婥来逃避丞相宇文化及的追杀。双方初时互相利用，但是经历过共患难的一段日子以后，彼此之间竟然生出了真挚的“母子”感情。傅君婥为了保护寇仲、徐子陵，死于丞相宇文化及的刀下。两人悲愤之余，立志学好武功，发誓必杀丞相宇文化及，替傅君婥报仇雪恨。

双龙练成了“长生诀”初级，踏足江湖，被魔门阴癸派首徒婠婠探知“长生诀”在双龙的身上，遂引来了江湖人士的缠绕追杀，险死还生。寇仲和徐子陵非但多次大难不死，\"长生诀\"内功加上学来的武功招式，武功反而大增。

寇仲偶遇秦王李世民的妹妹李秀宁，被李秀宁之美貌深深地吸引。为了赢得美人归，寇仲决意投效于李阀的门下。寇仲通过了李秀宁，同时结识了宋阀二小姐宋玉致，因为性格的关系，两人成了斗气冤家，但是感情却在不知不觉之中渐渐地滋长。

徐子陵方面，邂逅了“慈航静斋”的圣女师妃暄，被其超尘脱俗之气质吸引，却因为师妃暄身负圣女的身份，不能涉及儿女私情，两人有缘无份。同时，徐子陵被魔门妖女婠婠缠上，婠婠对徐子陵大感兴趣，对其缠绕不休，既为了套取“长生诀”以及“杨公宝库”所在，亦对徐子陵生出了真情，徐子陵周旋于圣女与妖女之间，矛盾重重。

双龙凭借当日傅君婥曾带二人至杨公宝库的记忆，以鲁妙子遗下的线索，悟出了杨公宝库的入口所在。但是黄雀在后，丞相宇文化及在双龙打开杨公宝库以后，中途拦截，幸好双龙今非昔比，武功比丞相宇文化及高，合力把丞相宇文化及重创逼退。而双龙看破了库中有库，进入到了底部的真正的邪王墓，以\"长生诀\"功力打开了机关，释放了“邪帝舍利”的武功精元，不料同时引动了冰封的邪王石之轩复活，双方争夺邪帝舍利，双龙吸了邪帝舍利中的七成功力，邪王石之轩得到了邪帝舍利中的三成功力，不敌双龙而遁走。同时，右光禄大夫柴绍得悉寇仲得到了真正的杨公宝库，感到了寇仲的威胁，但是秘而不宣地向李秀宁施压催婚，李秀宁为了家族的利益，终于下嫁给右光禄大夫柴绍。寇仲对李秀宁的感情彻底绝望，化悲愤为力量，加上得到了\"邪帝舍利\"蕴藏的武功精元，寇仲争霸的野心更大，誓要击败秦王李世民。

但是此时杨虚彦为了唤醒邪王石之轩的魔性，不惜暗杀邪王石之轩的女儿师妃暄。徐子陵誓死保护师妃暄，二人并试图引导邪王石之轩向善，但是邪王石之轩终于利用\"邪帝舍利\" “练成了魔门高深武学不死印”，成为正派大患。寇仲斗心日盛，以“邪帝舍利”功力急速提升武功，又行刑苛军法，霸气渐露，徐子陵深怕寇仲受\"邪帝舍利\"的影响，走上专横霸主之途，欲助寇仲夺得“和氏璧”，以“和氏璧”的正气来抵消“邪帝舍利”的霸气。

双龙查得“和氏璧”收于静念禅院，与秦王李世民为了争夺“和氏璧”，其间魔门中人加入了争夺战，师妃暄以及李秀宁为免“和氏璧”落入了魔门的手中，从中调停寇仲与秦王李世民合作，联手对抗魔门中人，结果\"和氏璧\"在正邪击战之中粉碎，双龙吞下了“和氏璧”的粉末，功力大增，击败了邪王石之轩以及阴后祝玉妍。寇仲因为“和氏璧”之功力遏制了“邪帝舍利”的乖戾之气，变得心境清明，终于接受了徐子陵、师妃暄以及李秀宁的劝说，放弃了争霸之心，决定助秦王李世民统一天下。

父亲隋炀帝杨广被丞相宇文化及杀害，公主杨如意在悲痛之中将仇恨转移到了秦王李世民的身上，面对着公主杨如意的质问，秦王李世民表示江山依然是杨家人的，自己的父亲李渊虽然攻占了长安，但是没有自立为帝，公主杨如意却不相信秦王李世民的话，心中依然对秦王李世民痛恨无比。

随后太后萧怡儿询问公主杨如意生下的孩子去了何处，这时众人才发现公主杨如意已经将刚生下不久的新生儿放到了木盆里顺河漂流，太后萧怡儿一见到女儿公主杨如意如此对待外孙，情急之下迅速命令手下人沿河寻找小孩，秦王李世民也想要加入寻找的队伍，却遭到了公主杨如意的阻拦。

不久之后，公主杨如意在河边找到了木盆，孩子躺在了里面安然无羔，公主杨如意喜出望外的抱起了孩子疼爱的抚慰着，秦王李世民见状也走过来看望孩子，公主杨如意却拦住了秦王李世民不让对方看望孩子。

隋炀帝杨广死后，丞相宇文化及立杨浩为皇帝，是为隋秦王，唐王李渊则立代王杨侑为皇帝，是为隋恭帝，一日，秦王李世民与丞相宇文化及双双来到了隋炀帝杨广的坟墓前，对太后萧怡儿透露皇帝要请娘儿俩回长安的事情，太后萧怡儿闻言得知自己的孙子和侄子成为了皇帝，当场表示不愿意回长安，此时西府赵王李元霸与天宝无敌大将军宇文成都的队伍相互看不顺眼，双方人马紧跟着动起了手来，天宝无敌大将军宇文成都面对着西府赵王李元霸惊人的臂力毫无惧色，二人战至数十回合不分胜负。